Köprü ayaklarının (büyük demir direklerin) akarsu yatağı içine korumasız olarak yerleştirilmesi söz konusu değildir. Köprü taşıyıcı yapısı çelikten yapılmış dahi olsa, su yatağı içine yerleştirilen ayaklar genelde betonarme olarak düzenlenmektedir. Eski köprülerde dahi çelik veya demir ayaklar yapılmış dahi olsa bunların su altında kalacak bölümü taş ve/veya betonla korozyona (paslanmaya) karşı korunmaktadır.

Akarsu veya deniz tabanına oturan köprü ayaklarının temellerinin yapımında belirli özel yöntemler kullanılmaktadır. Bunların amacı akarsu veya deniz tabanındaki gevşek veya zayıf zeminin derinliklerindeki sağlam zemine temelleri oturtmaktır.

Bunun için uygulanan yöntemlerden biri, yüzer şahmerdan (buhar basıncıyla çalışan büyük çekiçler) kullanarak su altındaki zemine sağlam alt tabakaya ulasana kadar kazıklar çakmaktır. Bu kazıklar eskiden sudan etkilenmeyecek malzemeden yapılmış (meşe vb.) ve çürümeye karşı dayanacak şekilde kimyasal işlem görmüş ahşap kazıklardı. Bugün ise çelikten borular çakılıp bunların içinin özel yöntemlerle su altında betonarme ile doldurulması yöntemi uygulanmaktadır. Su altında köprü ayağı temellerinin yapımında kullanılan başka bir yöntem de batırılmış betonarme "keson" yöntemidir. "keson" adını verdiğimiz betonarmeden yapılmış "sandıklar" su tabanına oturtulup özel araçlar kullanan dalgıç isçilerce su altındaki zemine gömülür. İstenen derinliğe ulaşana kadar bunlar üst üste eklenebilir sonra içleri betonarme ile doldurularak köprü ayakları bunlara oturtulur.
Uygulanan bir ileri teknoloji de, kesonlar su altı kazısıyla sağlam zemine oturtulup uçları su yüzeyinin üstüne çıktıktan sonra bunlara içindeki suyun boşaltılması ile birlikte basınçlı hava uygulayarak kuru bir iç mekân oluşturmak ve bu basınçlı ortamda sağlık sınırlamalarının izin verdiği sürece çalışan işçilerle betonarme temelin oluşturulması yöntemidir.

Su tabanında kayalık bir sağlam zemin bulunduğu taktirde, köprü üst yapısı ayağın bu noktadaki temele oturtulmasını sağlayacak şekilde tasarlanır ve temel doğrudan bu noktaya batırılan beton bloklara veya kaya dolgulara dayandırılır.

Su altında köprü temeli oluşturmak pahalı ve zahmetli bir is olduğundan, çağdaş teknik ve malzemelerle uzun açıklıklar oluşturulup su altındaki zemine oturan temellerden kaçınmak veya bunların sayısını en aza indirmeye çalışılmaktadır.